منابع مختلف اعلام کرده‌اند که حکومت پاکستان در حال برنامه‌ریزی برای ثبت و آرشیو آمار و اطلاعات تمامی افغانهای مهاجر در این کشور است. طرحی که قرار است قبل از عید رمضان اجرا شود و تمامی مهاجرین دارنده اسناد قانونی را نیز در بر خواهد گرفت.
مقام های محلی ایالت خیبرپختونخواه به برخی رسانه ها گفته اند که در این مرحله، برای ثبت مهاجرین افغان دستورالعمل های را از حکومت مرکزی دریافت کرده اند که بر اساس آن، اطلاعات افغان های دارای مدارک قانونی هم باید ثبت شود.
این اقدامات در حالی صورت می‌گیرد که تاکنون حکومت پاکستان دستور اخراج این مهاجران را به طور رسمی صادر نکرده است، اما منابع مستقل اعلام کرده‌اند که مرحله دوم و احتمالاً پس از پایان ثبت اطلاعات، به زودی اجرا خواهد شد.
در این زمینه، نهادها و سازمان‌های بین‌المللی مهاجرت از پاکستان خواسته‌اند که اخراج مهاجران افغان را متوقف کند. همچنین، معاون امور بشری یوناما در افغانستان در دیدار با مولوی عبدالکبیر معاون سیاسی ریاست‌الوزرای طالبان نیز نگرانی خود را از آغاز دور دوم اخراج مهاجران افغان از پاکستان ابراز کرده است.
